El virus se identificó en 1947 por primera vez en Uganda, específicamente en los bosques de Zika. Se descubrió en un mono Rhesus cuando se realizaba un estudio acerca de la transmisión de la fiebre amarilla en la selva. 

Los mosquitos y sus lugares de cría suponen un importante factor de riesgo de infección por el virus de Zika. La prevención y el control dependen de la reducción del número de mosquitos a través de la reducción de sus fuentes y de la disminución de los contactos entre los mosquitos y las personas.