Originalmente llamado Instituto de Oceanografía e Ictiología (nombre propuesto para su creación según la Ley Orgánica de la UABC), adoptó su nombre actual - Instituto de Investigaciones Oceanológicas, a partir de 1966. - El 28 de febrero de 1957 se decreta la constitución y fines de la Ley Orgánica de la Universidad Autónoma de Baja California, iniciativa impulsada por el Dr. Santos Silva Cota, quien fungió como primer Rector. En esta fecha se crean simultáneamente dos dependencias en la ciudad de Ensenada, bajo una concepción de estrecha interrelación y que fueron el Instituto de Oceanografía e Ictiología (posteriormente Instituto de Investigaciones Oceanológicas) y la Escuela de Ciencias Marítimas (posteriormente Escuela Superior de Ciencias Marinas y Facultad de Ciencias Marinas), que iniciaron sus actividades hasta el año de 1961.

La idea que dio lugar a estas dos instituciones estuvo fundamentada en el concepto de la investigación estrechamente asociada a la función docente en las ciencias del mar con el objeto de promover una preparación integral del estudiantado y que además, permitiera una retroalimentación académica de los investigadores dedicados a esta ciencia. Es también durante este periodo (1961-1968) cuando se implementan algunas acciones asociadas a la idea original de creación del Instituto - Escuela a través de la investigación.